Igreja de São João Batista Construída no século XVI,  muitas vezes serviu como fortaleza protegendo os habitantes da vila dos ataques de piratas e índios.

Cananéia foi fundada no dia 12 de agosto de 1531 por Martim Afonso de Souza. Consta na história que Cananéia foi a primeira cidade brasileira.

Seu desenvolvimento econômico iniciou-se na Villa de São João Baptista de Cananéa, a primeira cidade. Foi dela que partiu a primeira expedição de bandeirantes em busca das abundantes pedras preciosas do Vale do Ribeira, onde localiza-se Cananéia.

Sua localização era estratégica e foi escolhida pelos navegadores espanhóis e portugueses com ponto para reabastecimento de água e alimentos, além de reparos em suas embarcações e equipamentos.

Cananéia chegou a ser o porto mais importante de São Paulo. Possuía muitos estaleiros. As produções agrícolas e minerais eram escoadas através do porto de Cananéia.

Naquela época os ataques dos piratas e dos índios eram muito comuns. Para se defender, os habitantes de Cananéia construíram a igreja de São João Batista, na atual Praça Martim Afonso de Sousa. A igreja de São João Batista, uma fortaleza do século XVI, sem janelas e com enormes e fortes portões, tinha espaço suficiente para que os nativos pudessem colocar, através de suas fendas, mosquetes para atirar nos invasores.

O conjunto arquitetônico da cidade, em estilo colonial, é composto pela igreja, por casarões restaurados e por ruínas conservadas, na sua maioria do século XVII.

 Na praça existe um marco do antigo pelourinho, onde os escravos eram julgados. Há também três canhões que equipavam o arsenal do forte de Trincheiras, em Ilha Comprida, o qual desabou completamente por falta de conservação.